有機顏料和無機顏料著色力的差異是產生顏色的機理不同而造成的，由兩者的基本化學結構不同引起。

有機顏料對色的呈現是結構中存在一個共軛雙鍵體係（π電子體係）發色基團，共軛雙鍵的電子通過選擇吸收可見光從基態躍遷到激發態，因此有機顏料顯示的色彩是互補的顏色。

無機顏料不含任何雙鍵或者發色基團，所有化學元素都由環繞著（負）電子的正原子核（質子）組成。核的大小和電子的數目由元素在周期表中的位置決定。在周期表中所有元素是根據它們原子數目周期性循環的性質定位的，這樣就決定了電子數目和電子層排列。電子能從基態躍遷到激發態，即從較低的能級躍遷到較高的能級，是需要一定的能量的。

從激發態到低能級（基態）的躍遷會產生一係列發射譜線，當這些發射譜線的波長處在可見光範圍內時就能看見顏色。

無機顏料發射光的強度與有機顏料中的共軛雙鍵產生的光的強度相比較低，這正是無機顏料著色力非常低的原因。

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